Das mit den PDF geht einfach:
Tools -> Preferences -> Advanced -> Downloads
Dort nach pdf suchen und einstellen, dass er einen Download-Dialog zeigen soll.
Das mit den Bookmarks ist in der Tat etwas doof dass das mit der mittleren Taste nicht geht, aber einen neune Tab aufmachen, indem man in die Tableiste mit der mittleren Taste klickt hab ich mittlerweile schon als Reflex drin, und alle Seiten die ich nutze sind dann im Speed-Dial.
Alternativ nutz ich manchmal auch die Mausgeste (nach unten) um n Tab zu öffnen. Das geht sogar mit Links, auch wenn ich das nie so nutze.